医工所新园区位于慈溪北三环东路与胜陆高架交叉口，毗邻慈溪中学、宁波大学科技学院及慈溪市国家森林公园。园区总占地面积30000余平方米，已落成科研楼（20000余㎡），宿舍（6200㎡）以及化学品库（55㎡）。2019年7月18日，医工所全体员工和学生正式搬入慈溪新园区，并在2019年9月18日举行开园仪式。目前新园区内共有全职员工60余人，研究生120余人。